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案例精选|爱捷云算力云助力基因测序上云,赋能基因行业发展

2024-05-31

案例导读:
爱捷云算力云基于海量CPU+GPU异构算力资源池、高性能存储及网络架构、弹性敏捷的云平台底座,在近一年来,支撑某基因测序平台完成数十个高通量基因测序任务。爱捷云算力云高度匹配基因测序任务对算力、存力的密集计算、敏捷部署、自动扩容等需求,大幅提升基因测序效率的同时降低了基因测序的成本。

某基因测序公司专注于新一代DNA高通量测序技术的应用与推广、生物信息分析、临床诊断试剂盒研发和生物技术服务,拥有成熟的Illumina 的Miseq,Hiseq 等测序平台,为广大客户提供RNA测序,DNA测序,16S 多样性测序工作。

项目背景:

  • 每个基因测序都是一个极其消耗计算资源的过程。举例来说,一个30倍测序深度的人类全基因组数据FASTQ文件大约是200G,中间运算过程中,还会变大至600G,整个重组计算过程大概需要20多个小时。随着基因测序技术的普及,基因测序业务量也在逐年增长。这就需要庞大的计算、存储、网络等资源支撑,属于典型的密集型HPC应用。

  • 在基因测序的每个阶段,对计算、存储、网络等资源也有着不同的差异化诉求,每进行一次完整的基因测序任务,都需要快速创建多种规格且不同算力类型的计算资源,对算力云平台自动扩容、多任务并行、存储集群性能等都有极大的挑战。

  • 不管是直接购买物理机或者自建HPC集群,成本都是非常高的,且传统、单一的物理算力集群及存储平台难以支撑基因测序任务的高效运行。

所以,作为一家创新的基因测序服务商,决定以“云”的方式为其基因测序平台提供弹性灵活、高性能、稳定可靠的算力及存力资源。

爱捷云依托自身算力云平台,为该基因测序平台提供了CPU及GPU在内的多态异构算力+高性能对象存储及本地块存储+API全局智能调度解决方案,凭借着自定义算力实例规格、自动化部署及扩容、按量(秒级)计费等优势特性,高效承接基因测序业务不同分析阶段的算力、存力、运力需求,使得整体基因测序效率获得巨大提升,测序成本减少30%以上。
与达梦数据、人大金仓、东方通等多厂商兼容适配 爱捷云完成信创云全产业链生态布局

  1. 算力层面,爱捷云算力云以云服务器、容器、裸金属服务器三种形态提供CPU、GPU等算力资源,开放API/SDK接口,自动化按需调度算力资源,匹配不断波动的测序算力需求,创下了单任务数千台云主机稳定并发一周的记录。计费精度可精确至秒级,确保算力资源使用“滴水不漏”。
  2. 存力层面,爱捷云算力云同时提供分布式对象存储、文件存储、及块存储等多种数据存储方式。同时支持分布式缓存、RDMA、多副本/EC、数据冷热分层等技术,全面保障测序数据高带宽吞吐及低成本高可靠归档。

爱捷云算力云助力该基因测序平台,承接了国内外数百项动物、微生物的重测序及溯源追踪工作。爱捷云所提供的优质、多态、稳定的算力及存力资源,提高了数据处理和分析的速度,使得基因测序结果更快地生成和解读,从而为科学研究和医疗诊断提供更及时有效的支持。让更多的组织及个人,享受到基因测序的便捷与价值。

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